La verificación de datos de índole tributario, no puede sustituir un procedimiento de comprobación limitada.
La STS nº 1645/2019 de 28 de noviembre, Sala de lo Contencioso, parte de una reclamación económico administrativa interpuesta por una contribuyente, que fue objeto de un procedimiento de verificación de datos por parte de la Administración, en relación al Impuesto sobre la Renta. En dicho proceso, la Administración tributaria le imputaba en la base imponible del impuesto unas ganancias patrimoniales con periodo de generación superior a un año, derivadas de la transmisión de un inmueble. La recurrente alega que esa ganancia patrimonial estaba exenta por tratarse de la vivienda habitual y haber sido objeto de reinversión para adquirir una nueva. La Administración insiste, alegando que la reinversión se había realizado una vez superado el plazo de 2 años estipulado en el RIRPF.
Ya en recurso al TEAR, el tribunal le había dado la razón por entender que la liquidación provisional había sido fruto de un procedimiento de gestión tributaria inadecuado, ya que en este caso no cabía un proceso de verificación de datos. Tendrían que haberse llevado a cabo actuaciones de comprobación limitada. Era procedente la nulidad de pleno derecho que no interrumpe el plazo de prescripción, por lo que la Administración tributaria puede iniciar un nuevo procedimiento. Contra la resolución del TEAR se plantea el recurso Contencioso Administrativo, que concluye con una sentencia desestimatoria que sienta doctrina.
Cuando se notifica el inicio de un procedimiento de comprobación limitada, ya habían transcurrido los cuatro años que implican la prescripción, por lo que los actos administrativos se anulan y se ordena la devolución del importe de la liquidación más los intereses. 
El procedimiento de verificación de datos se desarrolla en la Subsección 3ª de la LGT (artículos 131 a 133) y los artículos 155 y 156 del RGAT . Se especifica su uso “(…) para que el obligado tributario aclare o justifique la discrepancia observada o los datos relativos a su declaración o autoliquidación, o mediante la notificación de la propuesta de liquidación cuando la Administración tributaria cuente con datos suficientes para formularla”. El procedimiento de verificación de datos puede iniciarse en los siguientes supuestos (artículo 131 LGT):
a) Cuando la declaración o autoliquidación del obligado tributario adolezca de defectos formales o incurra en errores aritméticos.
b) Cuando los datos declarados no coincidan con los contenidos en otras declaraciones presentadas por el mismo obligado o con los que obren en poder de la Administración tributaria.
c) Cuando se aprecie una aplicación indebida de la normativa que resulte patente de la propia declaración o autoliquidación presentada o de los justificantes aportados con la misma.
d) Cuando se requiera la aclaración o justificación de algún dato relativo a la declaración o autoliquidación presentada, siempre que no se refiera al desarrollo de actividades económicas.
En el caso expuesto no cabe este procedimiento porque para saber si la exención por reinversión en una nueva vivienda habitual está correctamente aplicada hay que comprobar que ésta última haya sido adquirida dentro del plazo reglamentariamente establecido.
La actuación administrativa en el procedimiento de verificación de datos está supeditada al examen formal de la documentación disponible sin realizar otras comprobaciones, que eran necesarias en este caso para establecer la razón de una parte o la otra. La verificación de datos se resume en un contraste entre los datos que obran en poder de la Administración y los aportados por el contribuyente, siendo imposible dentro de este proceso solicitar otros nuevos.
El procedimiento de verificación de datos no debía terminar con la práctica de una liquidación, sino con el inicio de un nuevo procedimiento, pero de comprobación limitada. En un procedimiento de comprobación limitada sí se permite descubrir nuevos hechos o circunstancias que resulten de actuaciones distintas (artículos 136 a 140 de la LGT). El alcance de la comprobación limitada es mucho más amplio. Sin llegar a ser igual que una inspección, si permite requerir el aporte de nueva documentación e incluso hacer requerimientos a terceros o exigir la presentación de registros, facturas o justificantes.
El Supremo ya se había pronunciado con anterioridad al respecto de utilizar el procedimiento de verificación de datos cuando éste no procede. Por lo tanto, cuando se reciba una notificación de inicio de un procedimiento, es recomendable comprobar de qué tipo de procedimiento se trata y cuál es su alcance (información que se especifica en la primera página de la comunicación) porque podría ser que se esté vulnerando nuestro derecho y no nos demos cuenta. En tal caso, cabe alegar la nulidad.